修订后的农民专业合作社法共10章74条，对农民专业合作社的定义和基本原则，设立和登记，成员，组织机构,财务管理,合并、分立解散和清算，农民专业合作社联合社，扶持措施，法律责任等作了规定。根据全国人大常委会组成人员的审议意见和各方面意见，新修订的农民专业合作社法主要在以下几个方面作了修改和完善:
(一)进一步完善农民专业合作社的定义，丰富了农民专业合作社的服务类型
为适应农民专业合作社在专业化生产服务基础上延伸产业链条、向综合化发展的趋势，新修订的农民专业合作社法扩大了农民专业合作社的业务服务内容，不再局限于同类农产品或者同类农业生产经营服务的范围。新法第二条规定:“本法所称农民专业合作社,是指在农村家庭承包经营基础上，农产品的生产经营者或者农业生产经营服务的提供者、利用者,自愿联合、民主管理的互助性经济组织。”同时在第三条用列举的方式明确农民专业合作社可以开展以下一种或者多种业务：农业生产资料的购买、使用；农产品的生产、销售、加工、运输、贮藏及其他相关服务；农村民间工艺及制品、休闲农业和乡村旅游资源的开发经营等；与农业生产经营有关的技术、信息、设施建设运营等服务。
现实中的农民合作组织有很多种，农民专业合作社只是其中的一部分。只有具备本法定义中明确规定的“家庭承包经营基础上”“自愿联合”“民主管理”“互助性经济组织”特征的农民合作组织才是本法调整范围内的农民专业合作社，其设立、登记及运行等受本法规范的同时也享受本法规定的各项扶持措施。 其他的农民合作组织，如农村集体经济组织改革后成立的社区性的股份经济合作社或经济合作社，虽然这此合作社也是农民办的，其作为我国农村集体经济的组织载体，在农村集体产权制度改革和发展壮大农村集体经济过程中发挥着重要作用，但不是本法所称的农民专业合作社。再比如专门从事金融业务的农村合作金融组织以及其他以单纯提供专业技术中介指导服务、行业自律服务、文化活动等为主要内容的合作组织都不是本法的调整对象。
（二）保障农民专业合作社享有与其他市场主体平等地位
法律地位农民专业合作社经过十年的发展，虽然数量增长较快，但是大部分合作社还停留在较为初级的阶段，与市场的谈判能力较弱，社会认可程度较差。实践中，一些农民专业合作社在生产经营中遇到一些不平等的待遇，如在向公司投资、获得银行贷款、从事农产品深加工以及其产品进入超市销售等方面存在诸多限制，出现这一现象的根本原因，是没有把农民专业合作社当作真正的市场主体。为此，新修订的农民专业合作社法专门增加了相应规定：新法第七条第一款规定，国家保障农民专业合作社享有与其他市场主体平等的法律地位；第十八条规定，农民专业合作社可以依法向公司等企业投资，以其出资额为限对所投资企业承担责任。同时在第十六条规定，符合条件的农民专业合作社可以向工商行政管理部门申请颁发营业执照，登记为农民专业合作社法人。
(三)明确成员可以用土地经营权等财产以及章程规定的其他方式作价出资
农村承包土地所有权、承包权、经营权“三权分置”是党中央作出的重大决策，是继家庭联产承包责任制后农村改革又一重大制度创新，是完善农村基本经营制度的一个重要内容。目前，农村已有30%以上的承包农户在流转承包地，其中流转入合作社的面积占耕地流转面积明20%以上。随着农村家庭承包经营制度进一步完善，以土地经营权出资参加专业合作社的现象越来越普遍。为适应农民财产多样化和土地承包经营权“三权分置”制度的确立，平衡农民承包土地财产权利的实现与农村社会稳定之间的关系，新修订的农民专业合作社法增加了农民专业合作社成员可以用农村土地经营权作价出资的规定。此外，考虑到现实中许多合作社发展要靠能人带动，应当鼓励具有经营管理经验和生产技术的人员加入合作社，实践中农民的出资方式多种多样，法律应当留有一定空间，赋予农民专业合作社更大的灵活度，出资只要符合章程规定，全体成员认可、不违反法律法规的规定即可，同时法律还规定以实物等非货币方式出资的应当作价，以明确出资成员的责任限额。因此，新法第十三条规定:“农民专业合作社成员可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地经营权、林权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产，以及章程规定的其他方式作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。”
(四)确立农民专业合作社联合社的法人地位
随着农民专业合作社的发展，设立或者加入联合经济组织的意愿日渐强烈。目前，全国已有农民专业合作社联合社7200多家，涵盖农民专业合作社9.4万多个，带动农户超过560万户。联合社的发展不仅增强了专业合作社的发展能力，更推动了农业规模化经营，加快了现代农业建设步伐，但由于缺乏国家法律依据，一定程度上影响了联合社的进一步发展。为此，新修订的农民专业合作社法增加一章，对农民专业合作社联合社作了规范，赋予其法人地位，明确联合社应当是经营实体，只有农民专业合作社才能成为联合社的成员，对其与农民专业合作社不同的注册登记、组织机构、治理结构、盈余分配等问题作了规定。新法第五十六条至第六十二条规定，三个以上的农民专业合作社在自愿的基础上，可以出资设立农民专业合作社联合社，依照本法登记,取得法人资格，领取营业执照，登记类型为农民专业合作社联合社；联合社以其全部财产对该社的债务承担责任，联合社成员以其出资为限对联合社承担责任；联合社应当设立由全体成员参加的成员大会，不设成员代表大会；联合社的成员大会选举和表决，实行一社一票;联合社成员退社，应当在会计年度终了的六个月前书面提出。上述内容均为农民专业合作社联合社的特别规定，是与普通农民专业合作社不同之处，对于其他本法没有作特别规定的有关农民专业合作社联合社的事项，依照第六十三条的规定，适用本法关于农民专业合作社的规定。
(五)进一步规范农民专业合作社的组织和行为,促进合作社由粉量型向质量型发展
截至2017年年底，全国登记注册的农民专业合作社达201.7万余家。但是，这其中有一部分是“空壳社”“挂牌社”，还有一部分运行得不规范。为更好地发挥法律对农民专业合作社规范发展的引导作用，新修订的农民专业合作社法在规范农民专业合作社的组织和行为方面作了补充完善:
1.在农民专业合作社章程应当载明的事项中增加成员出资的转让、继承、担保和附加表决权的设立、行使方式和行使范围。(第十五条)
2.增加规定，农民专业合作社应当按照国家有关规定，向登记机关报送年度报告，并向社会公示。(第十七条)
3.明确成员的入社程序。申请者应当向理事长或者理事会提出书面申请，经成员大会或者成员代表大会表决通过后，成为本社成员。(第二十四条)
4.增加成员的除名规定。农民专业合作社成员不遵守农民专业合作社的章程、成员大会或者成员代表大会的决议，或者严重危害其他成员及农民专业合作社利益的，可以予以除名。成员的除名，应当经成员大会或者成员代表大会表决通过。在实施除名时，应当为该成员提供陈述意见的机会。 被除名成员的成员资格自会计年度终了时终止。(第二十六条)
5.完善成员代表大会的人数限制。依法设立成员代表大会的，成员代表人数一般为成员总人数的百分之十，最低人数为五十一人。（第三十二条）
6.增加农民专业合作社的市场竞争退出机制。明确规定农民专业合作社连续两年未从事经营活动的，吊销其营业执照。(第七十一条)
(六)进一步明确了政府职责
对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务，涉及多个政府部门和单位。只有把各个部门的扶持和服务措施统筹起来，形成合力，才能更好地鼓励、支持和引导农民专业合作社发展。2013年，全国农民合作社发展部际联席会议制度正式建立。多数地方政府也相继建立了农民专业合作社工作的综合协调机制，统筹指导、协调、推动农民专业合作社的建设和发展，有力地促进了农民专业合作社的健康发展。这次修法，将这一实践检验的成熟做法上升为法律制度，新法第十一条明确要求县级以上人民政府应当建立农民专业合作社工作的综合协调机制，统筹指导、协调、推动农民专业合作社的建设和发展。各级人民政府应当按照法律规定，尽快建立完善农民专业合作社工作的综合协调机制，把统筹指导、协调、推动农民专业合作社的建设和发展作为实现乡村振兴战略的重要抓手，保护农民专业合作社及其成员的合法权益，推进农业农村现代化。此外，新法还对政府部门间的信息共享作了规定，例如第十六条规定，工商行政管理机关应当将农民专业合作社的登记信息通报同级农业等有关部门。
此外，为了进一步鼓励、支持、引导农民专业合作社的发展，新修订的农民专业合作社法还充实了对农民专业合作社的扶持措施，例如增加了鼓励农民专业合作社依法开展互助保险，以及对农民专业合作社用电、用地的扶持措施等。
